Protocols.ioTools for PLOS Authors: Reproducibility and Recognition
解决实验科学中可重复性的挑战的方法应该像挑战本身一样多样化。不一致的试剂、支持数据开放共享的障碍、未被记录的实验变异以及研究人员对新颖和精心创建的实验方法缺乏认可和信誉的担忧,所有这些都是生物医学研究中可重复性的挑战。
公共科学图书馆现在直接与protocols.io为作者提供更好的方法来分享他们工作的方法论细节,实用的工具来减少浪费的研究努力和持久的,可引用的实验室方法标识符。对于公共科学图书馆来说,这是朝着解决可再现性的承诺迈出的一步,并为一项工作的所有贡献提供更好的识别和信誉。
“我们很高兴能与公共科学图书馆这样志同道合的合作伙伴联系在一起,”protocols说。io CEO莱尼·泰特尔曼。“我们遵循开放获取的理念,我们努力以一种有效、可访问和可重复使用的方式促进研究的交流。”
这个新服务补充了PLOS已经强大的功能数据可用性政策,要求在文章发表时提供文章结论所依据的数据。自2014年加强这一政策以来,已经发表了约6万篇文章,其中包含数据可用性声明。
“我们很高兴参与协议。公共科学图书馆执行编辑Veronique Kiermer说。“这是迈向成功的又一步开放的科学,不仅为获取数据提供了便利,现在也为获取产生这些数据的实验室方法提供了便利。”
它是如何工作的
鼓励研究人员自行决定,将他们的实验室规程保存在规程上。从他们的文章的方法部分获得一个唯一的DOI并直接链接到这些。唯一的链接允许审稿人和编辑人员在同行评审期间访问协议。在本文发表时,公共科学图书馆和协议之间的合作关系。io确保与发布文章的链接建立起来,协议在CC BY许可下自动公开,任何人都可以访问、使用和引用。

通过永久的存档和链接,协议成为科学记录的一部分。的protocols.ioapplication允许科学家创建,复制,修改和发展实验室协议,描述实验程序的关键细节,经常被忽略的文章方法部分。虽然协议中的详细步骤可能会随着时间的推移而演变和改进,但与发表文章相关的版本仍然可以帮助解释实验的细微差别。
“描述实验室实验的方法部分往往会忽略可能影响实验的细微变化,”Kiermer说。“我希望科学家们能抓住这个机会,以一种对他人更有用的方式描述他们的方法。”
细致入微的方法论细节可以以新的方式分享,及时可以无缝地融入研究周期,从板凳到出版和回来。“它不仅仅是一个发表的工具,”Teytelman说,“它可以作为一个实验室的工具,在实验室工作,记录保存和分享实验室内外的专业知识。”
订婚了评论在协议。IO网站允许有兴趣的读者使用文章的方法与他人进行更深入的澄清和讨论。“这种伙伴关系将提高已发表研究的可重复性,同时促进科学家与我们的内容的合作参与,”Kiermer补充说。
别人可以引用的方法DOI提供了更多信息细粒度的信贷对那些为方法学发展做出贡献的人。它还使研究人员能够比较采用类似方法的实验室之间的方法细节,或在已发表的实验方法和用户微妙修改的方法之间进行比较。在这方面,协议。IO有助于弥合公开的实验方法和随着时间的推移而改进的方法之间的信息差距。
公共科学图书馆期待作者参与这一新颖的方法来提高方法部分-一个用于记录和共享详细协议的开放获取工具。我们希望你尝试一下,并通过下面的评论或电子邮件告诉我们你的体验communications@www.othits.com.
英雄形象嵌入信用(CC BY):绷带情节J. Mamrot整理的文稿
我对页面顶部的图片很感兴趣(黑色背景的方形图片),它来自哪里?谢谢你!
协议。IO接受视频协议?这些可能是有益的,但视频协议的主要发布场所的访问非常昂贵。
是的,我们也认为它很有趣。图像信用和到协议的链接。IO页面在博客文章的底部。
图像和视频可以显著地帮助澄清和简化协议说明。Protocols.io鼓励包括它们在步骤级或指南中。对于对整篇文章或特定结果更通用的视频,PLOS也接受各种格式的视频。请参阅支持信息指令在任何期刊网站上。
https://www.protocols.io/view/how-to-make-your-protocol-more-reproducible-discov-g7vbzn6?step=8
http://journals.www.othits.com/plospathogens/s/supporting-information
嗨,马吕斯,
这张图片是我的:它是重新组装的文本的视觉表现,被称为绷带情节(http://rrwick.github.io/Bandage/).
这些“曲线”是来自带刺小鼠转录组的实际转录本(基因),我使用我发布在protocols.io上的协议组装并验证了它们:https://www.protocols.io/view/de-novo-transcriptome-assembly-workflow-using-rna-ghebt3e
如果你想知道更多,请随时给我发邮件,或者如果你在推特上:@Jared_Mamrot
jared.mamrot@hudson.org.au
谢谢,
贾里德
希望您已经知道PLOS与protocols.io的合作关系;如果你不知道,公共科学图书馆几乎在一个月前宣布了这一消息。我们当时没有告诉你的是,公共科学图书馆生物学已经[……]
还有其他协议平台/期刊,例如JMIR研究协议(http://www.researchprotocols.org).我不确定为什么PLOS只支持一个特定的供应商。
作者可以自由引用其他地方发布的协议。公共科学图书馆和协议。IO共同努力以作者友好的方式组织流程,并确保方法的长期保存以及文章和协议之间的双向链接。这种合作关系不是排他性的,作者可以使用其他提供类似保护保证的平台。
亲爱的Eysenbach博士,
我们的协议。IO不是日志,而是存储库。就像用于数据的Dryad或用于代码的GitHub,我们是一个伴随已发表论文的协议存储库。我们也像bioRxiv一样用于协议预印本。
我们不做同行评议,也不是期刊。我们与你们的JRP、Nature Protocols、Current Protocols、Nature Methods、MethodsX、Bio-protocol或任何其他以方法为中心的期刊没有竞争关系。
亲切的问候,
莱尼Teytelman
首席执行官protocols.io
协议的合作关系。IO是一种促进详细方法信息共享的方式——以一种对作者和读者开放、持久和实用的方式——但它绝不是一种排他性的“联姻”。我们是按照协议工作的。IO以确保满足持久性和开放性的这些标准,但是作者可以自由使用满足这些标准的任何其他开放存储库,或者在补充信息中提供详细的协议。存储协议是可选的,所有作者必须遵守PLOS的健壮数据可用性策略。这是公共科学图书馆支持的共享协议和数据的原则。
[…]eLife和Bio-Protocol合作以获得完整的协议。我知道公共科学图书馆和协议。IO也做了同样的事情,希望更多的期刊会跟进[…]
我们也希望如此!
[…]我们的作者和更广泛的科学界。比如我们与协议的合作。io的实验室方法引用和与bioRxiv合作的预印本与我们的期刊投稿,这只是又一个[…]
[…]我们的作者和更广泛的科学界。比如我们与协议的合作。io的实验室方法引用和与bioRxiv合作的预印本与我们的期刊投稿,这只是又一个[…]
[…]以鼓励精确,并促进这些细节的分享。我们很高兴我们在过去一年中与他们的合作为转化研究提供了另一种催化剂[……]
[…]以鼓励精确,并促进这些细节的分享。我们很高兴我们在过去一年中与他们的合作为转化研究提供了另一种催化剂[……]
[…]以鼓励精确,并促进这些细节的分享。我们很高兴我们在过去一年中与他们的合作为转化研究提供了另一种催化剂[……]
[…]协议。io Tools for PLOS作者:再现和识别[互联网]https://blogs.www.othits.com/plos/2017/04/protocols-io-tools-for-reproducibility/[…]
[…]11。公共科学图书馆。Protocols.ioTools for PLOS Authors: Reproducibility and Recognition. 2017. Available from:https://blogs.www.othits.com/plos/2017/04/protocols-io-tools-for-reproducibility/[…]