材料、软件和代码共享

以下政策适用于所有公共科学图书馆期刊，除非另有说明。

相关政策: 数据可用性

公共科学图书馆致力于确保支撑研究的材料的可用性。共享材料鼓励重用和促进再现。

如果在发表后发现不合理的共享限制，PLOS保留发布更正、表达关注或撤回的权利。公共科学图书馆将酌情联系作者所在的机构和资助方。

我们的可用性政策并不要求必须免费提供材料。

共享资料

我们希望所有向公共科学图书馆提交的研究人员都能提供其他人可能合理要求的所有相关材料，而不限制工作的发表。

编辑和审稿人应在同行评审过程中验证材料的可用性，如果发现任何限制，应与期刊联系。

我们强烈鼓励作者将材料的副本，包括质粒、细胞系和模型生物，存入已建立的存储库，如Addgene,美式文化收藏，拟南芥生物资源中心，布鲁明顿果蝇库存中心，线虫病遗传中心，DSMZ，欧洲小鼠条件诱变计划，欧洲小鼠突变体档案，Knockout Mouse项目，杰克逊实验室，突变鼠区域资源中心，质粒,而且理研生物资源中心．虽然这些例子可能是特定于生命科学的，但我们希望所有相关的材料都存储到相关的存储库中，只要可能，跨越所有研究领域。

作为资源识别计划公共科学图书馆鼓励作者使用研究资源标识符(rrid)来引用和唯一标识研究中使用的资源。

的RRID门户提供现有RRID的可搜索数据库，并包括在RRID不存在时创建新数据库的说明。作者应该在他们的论文文本中包含rrid以识别抗体，质粒、模型生物、细胞系和工具，如以下示例所示，链接到RRID门户的元数据:

如果材料损害了人体研究对象的隐私或机密性，则不应共享这些材料，作者应在其材料和方法中包括一项声明，讨论对可用性或使用的任何限制。

联系期刊如果你从发表的文章中获取资料遇到困难。

如果作者和同行评议参与者之间发生任何争议，特别是在材料转让协议(mta)方面，PLOS不能进行仲裁。

我们希望所有向公共科学图书馆(PLOS)提交的论文(其中软件是稿件的核心部分)的研究人员都能在论文发表时不受限制地提供所有相关软件。作者必须确保软件在一段时间内保持可用性，无论版本或升级。如果原始软件不能共享，作者必须提供合理的副本。

提交给PLOS的软件必须满足以下要求:

如果软件或算法不是稿件的核心，我们也鼓励作者免费提供所有相关材料。

下列项目必须存放在一个开放的软件档案中:

手稿中描述的软件的相关源代码。这应该尽可能地遵循公认的社区标准，并在适当的许可下获得许可，如BSD、LGPL或MIT (查看合适许可证的完整列表)．对商业软件如Mathematica和MATLAB的依赖并不排除考虑手稿，尽管完整的开源解决方案是首选。代码应该易于定位和下载，无需创建用户帐户、登录或输入其他个人详细信息。
运行和安装软件的文档。对于最终用户应用程序，安装和使用软件的说明是先决条件;对于软件库，使用应用程序接口的说明是先决条件。
具有相关控制参数设置的测试数据集。在可行的情况下，应该包括来自标准测试集的结果。在可能的情况下，测试数据不应该有任何依赖关系——例如，数据库转储。

档案应该提供所描述软件的公共存储库。存储库必须存在超过5年，或者托管超过1,000个项目。

如果一个软件手稿涵盖了一个完善的项目，并且该项目已经提供了一个开放源代码存储库很长一段时间，那么它可以被考虑发布。

为了让软件手稿被考虑出版，编辑、审稿人或读者必须能够:

只需要一个硬件-软件平台。平台必须是读者普遍使用的(例如，MATLAB)。

软件稿件在下列情况下将不予考虑:

我们希望所有向公共科学图书馆(PLOS)提交论文的研究人员，在这些论文中，作者生成的代码支持了手稿中的发现，使所有作者生成的代码都可以在不限制发表工作的情况下使用。如果代码是稿件的核心，我们可以要求提供代码作为发表的条件。作者负责确保代码是可重用的，并且有良好的文档记录。

鼓励作者以遵循最佳实践并促进可再现性和重用的方式共享他们的代码。鼓励作者:

关于共享代码的最佳实践的更多信息可以在公共科学图书馆气候作者指导．

如果由于法律或道德原因，代码不能被共享，那么作者应该在数据可用性声明中声明这一点，并详细说明如何请求访问代码。在代码不能公开共享的情况下，编辑和审稿人保留访问代码的权利，如果认为有必要对稿件进行全面评估。